Caminin duvar kalınlıkları 1,40m olup, taban tonuz yüksekliği ortalama 9,5 m dir. Cami uzunlamasına 5 bölüme ayrılmış, 4 sıra halinde, 16 sütun ve 40 kemerle ayakta durmaktadır.
Bölümlerin her birinin üzeri, ayrı ayrı tasarlanmış biri açık, 23 ü kapalı, 24 tonuzla örtülmüştür. Bunlardan mimari de “Maksure Kubbe” diye adlandırılan mihrap önü kubbesi ve üzeri açık olan “Fenerlik” adı verilen büyük kubbe, çok özel tasarlanmıştır. Cennetkapı’dan caminin içine girişte, her iki yanda, tek blok taşlardan oyulmuş iki adet emanet sandığını görüyoruz. Yıllarca bu emanet sandıklarına konan eşyalar, sahibinden başka hiç kimse tarafından alınmaz, bırakıldığı gibi kalırmış. İnsanlar kentten ayrılacakları zaman, kıymetli eşyalarını buraya bırakırlar, döndüklerinde de gelip alırlarmış. 1900 yılların başına kadar bu böyle sürmüş, daha sonra yaşanan olumsuzluklardan dolayı bu gelenek bırakılmış. Giriş de sol tarafta ki emanet sandığının yanında ‘Sadaka taşı’ yer almaktadır. Yüzlerce yıl boyunca; yoksullara yardım etmek isteyenler, bağış ve sadakalarını bu taş sandığın içine korlarmış. İhtiyacı olan insanlar da sadece ‘ihtiyaçları’ kadar parayı, buradan alır kullanırlarmış. Böylece; “veren el, alan eli görmesin” felsefesi yıllarca burada uygulanmış. Cennetkapı’sının iç tarafındaki tonozda yer alan bu damla taş demeti görünümündeki sarkıtlar, ön taraftaki hoparlör taşlar denilen sistemin iç taraftaki uzantılarıdır. Bu estetik ve mekanik sistem, cami içindeki sesi dışarıya vermek amacıyla yapılmıştır. Caminin kuzeybatı köşesindeki bu merdivenler, silindirik gövdeli ve tek şerefeli kesme taş minareye çıkış yoludur. Kitabesin de minarenin ve caminin içinin, 1565 yılında Osmanlı padişahı Kanunî Sultan Süleyman tarafından onartıldığı, yazmaktadır. Camideki sütunların hepsinin baş ve kaidelerinin, birbirinden farklı bezemelerle, süslendiğini görüyoruz Caminin Tekstilkapı tarafında, merkezde kalan bu dört sütun, Kanuni Sultan Süleyman döneminde, Mimar Sinan tarafından güçlendirilmiş dir. Şahkapısı tarafında kalan ince sütunlar orijinaldir. Şah mahfilinin 1928 de bütün ahşap işlemeleri, halıları ve kapısı, maalesef ki çalınmış ve bugüne kadar da bulunamamıştır. Caminin tavanını oluşturan, taş malzemelerle inşa edilmiş, 23 adet dekoratif çapraz tonoz; türlerinin Anadolu'da bulunan en ihtişamlı örnekleridir. Tonozların merkezinde, 'çapraz tonoz' uygulaması ile birleştirilmiş, iç içe geçen doğrusal bezeme hatları, ‘haç’ görünümündedir. Aslında bunların, Güneş'in devinimi üzerine temellenmiş 'dört yön, ara yönler ve merkezdeki gökyüzü-güneş kapısı' kavramlarını ifade etmek için seçildikleri, düşünülmektedir. Mihrap önü kubbesi, erken İslam dönemi cami mimarisi geleneğine göre yapılmış olup, mimari de ‘Maksure Kubbe’ adını alır. Bu kubbenin üzeri, Anadolu'ya özgü konik bir külahla örtülmüştür. Mihrap önü kubbesi nin yüksekliği içerden 18 metredir. Dış külahın tepesi 25 metre yüksekliktedir. Mihrap önü kubbesinin dört yönün de, yıldız biçiminde yapılmış küçük pencereleri görüyoruz. Bunlardan üçü tan ağarırken günün ilk ışıklarını içeriye, sabahyıldızı şeklinde ulaştırırlar. Bunlar, Kubbeye gök boşluğu havası veren, ustaca düşünülmüş küçük pencereciklerdir.Caminin baş mimarının imzası Mihrap önü kubbesi sağ kemerinin kilit taşının üstünde “Ahlatlı Mugis’in oğlu Hurremşah yaptı” olarak görülüyor. Bir düşünceye göre mimar eserinin ve adının sonsuza dek ayakta kalmasını arzu etmektedir. Eğer daha önce yıkılacak olursa önce benim adım silinsin diyerek, bir binada ilk yıkılacak yere, kemer kilit taşına yerleştirmiştir. Caminin güney-doğu köşesinde ki tonozlar, orijinalliğini muhafaza etmiştir. Batı tarafındakiler çok hasar görmüş ve tamir edilmiştir.
